En las elecciones presidenciales de Junio de 1998 fue elegido presidente con el 50.4% de los votos, venciendo al liberal Horacio Serpa e iniciando de inmediato diálogos con la guerrilla de las FARC.2 Durante su gobierno se llevo a cabo el Proceso de paz con la guerrila de las FARC en los "Diálogos del Caguán", los cuales fracasaron y condujeron al desarrollo e implementación de un acuerdo militar con el gobierno de los Estados Unidos denominado el "Plan Colombia".
Actualmente es líder del Partido Conservador, y dirige una facción del mismo que se opone al Proceso de Paz adelantado entre el gobierno del Presidente Juan Manuel Santos y la guerrilla de las FARC; junto al también Ex-Presidente Álvaro Uribe Vélez, son los mayores opositores y críticos del Gobierno Santos así como del Presidente de Venezuela Nicolás Maduro.